После всего этого, как покупатели много-много раз переустанавливают VPS, в папке /vz/private появляется большее количество папок варианта: CTID.тут_некое_большое_целое_число, в каких сохранятся капиталом дисков контейнеров до переустановки.

Устранять их автоматом возможно вот подобным скриптом:

for i in `/bin/ls /vz/private/ | egrep '^[0-9]+\.[0-9]+$'`; do echo "Remove folder: $i"; rm -rf /vz/private/$i ; done